KillBot в Директе создаёт аудиторию ботов и выставляет ей корректировку ставок "-100%".
Нужно в настройках Директа к этой аудитории добавить аудиторию, похожую на ботов - чтобы Директ исключал показы и аудитории похожей на ботов.
Это можно сделать двумя способами:
1. В интерфейсе KillBot, при выставлении аудитории для фильтрации, в колонке "Состояние" разово появится ссылка на страницу со списком аудиторий и инструкцией, что именно нужно сделать:

1.1 На эту же страницу со списком аудиторий можно перейти и в самом аккаунте Яндекс Директ здесь:

2. Найдите в списке аудиторий аудитории, созданные Killbot. В их названии есть строка "KillBot":

3. Для каждой аудитории выставьте в настройках "Выбранный сегмент и похожие пользователи":

4. Рекомендую сначала выставить аудиторию для фильтрации по всем кампаниям в KillBot, а потом зайти на страницу аудиторий в Яндекс Директе и разом для всех аудиторий выставить эту опцию.